La DFB-Ligapokal de 1999 fue la tercera edición de la DFB-Ligapokal y, por tercer año consecutivo, la ganó el Bayern de Múnich . El Bayern, campeón de Liga el año anterior , venció al Werder Bremen en la final, al revés de la final de copa del año anterior .
Un total de seis equipos se clasificaron para la competencia. Las etiquetas entre paréntesis muestran cómo cada equipo se clasificó para el lugar de su ronda inicial: