El equipo de fútbol americano Humboldt State Lumberjacks de 1999 representó a la Universidad Estatal de Humboldt durante la temporada de fútbol americano NAIA de 1999 . Humboldt State compitió en la NAIA Columbia Football Association .
Los Leñadores de 1999 fueron dirigidos por el entrenador en jefe Fred Whitmire, en su noveno y último año al mando. Jugaron partidos en casa en el Redwood Bowl en Arcata, California . Humboldt State terminó la temporada con un récord de tres victorias y siete derrotas (3–7, 0–4 CFA). Los leñadores fueron superados por sus oponentes 167–320 durante la temporada. En nueve años con el entrenador Whitmire, los Leñadores compilaron un récord de 43–49–2 (.468).