La temporada 1999 del Japan Golf Tour se jugó del 11 de marzo al 12 de diciembre. La temporada consistió en 32 eventos oficiales de dinero en Japón , así como los cuatro majors y los tres campeonatos mundiales de golf .
La siguiente tabla muestra todos los eventos monetarios oficiales en Japón para la temporada 1999. El número entre paréntesis después del nombre de cada ganador es el número de eventos del Japan Golf Tour que ganó hasta ese torneo inclusive. Esta información solo se muestra para miembros del Japan Golf Tour.