El Torneo de hockey sobre hielo masculino de la División II de la NCAA de 1999 involucró a 2 escuelas que jugaron en una serie de juegos al mejor de tres para determinar el campeón nacional de hockey sobre hielo universitario masculino de la División II de la NCAA . Se jugaron un total de 2 juegos, organizados por Saint Michael's College .
Saint Michael's , dirigido por Lou DiMasi , ganó el título nacional sobre New Hampshire College , con una victoria y un empate.
Después del campeonato, el torneo se suspendió debido a la falta de interés de las escuelas en el nivel de la División II.
Se invitó a dos equipos a jugar un torneo modificado al mejor de tres . En los primeros dos juegos, los equipos recibirían puntos (2 puntos por victoria, un punto por empate) y el equipo que tuviera más puntos sería el campeón. Si los equipos estaban empatados después de dos juegos, se jugaría un minijuego de 20 minutos para determinar el campeón.