La temporada 1999 de NECBL fue la sexta temporada de la Liga Universitaria de Béisbol de Nueva Inglaterra . La liga se expandió a ocho franquicias con la incorporación de Rhode Island Gulls , la segunda franquicia de la liga en el estado de Rhode Island en Nueva Inglaterra .
En las rondas de semifinales de los playoffs, Danbury derrotó a Keene 2-1 y Middletown derrotó a Rhode Island (Rojos) 2-1. En la ronda final, Middletown derrotó a Danbury 3-1 para ganar su tercer campeonato NECBL consecutivo. [1]