Andre Agassi derrotó a Todd Martin en la final por 6–4, 6–7 (5–7) , 6–7 (2–7) , 6–3, 6–2 para ganar el título de tenis masculino individual en el Abierto de Estados Unidos de 1999 . Con la victoria, regresó al ranking mundial de singles No. 1 y ayudó a terminar la racha de Pete Sampras de seis rankings No. 1 de fin de año.
Patrick Rafter fue el dos veces campeón defensor, pero perdió ante Cédric Pioline en la primera ronda después de sucumbir a una tendinitis del hombro .