La temporada 2000 del Berlin Thunder fue la segunda temporada de la franquicia en la NFL Europe League (NFLEL). El equipo fue dirigido por el entrenador en jefe Peter Vaas en su primer año y jugó sus partidos en casa en Jahn-Sportpark en Berlín , Alemania. Terminaron la temporada regular en sexto lugar con un récord de cuatro victorias y seis derrotas.