El Torneo de Béisbol de la Conferencia Sureste de 2001 se llevó a cabo en el Hoover Metropolitan Stadium en Hoover , Alabama , del 16 al 20 de mayo. El estado de Mississippi derrotó a LSU en el juego de campeonato, lo que le valió la candidatura automática de la Conferencia Sureste al Torneo de Béisbol de la División I de la NCAA de 2001 .
Los dos mejores equipos (según los resultados de la conferencia) de las Divisiones Este y Oeste obtuvieron invitaciones automáticas al torneo. Los siguientes cuatro equipos con los mejores porcentajes de victorias en conferencias, independientemente de la división, se clasificaron para el torneo en general.