La temporada 2003-04 de la NBL fue la 26ª temporada de competición desde su establecimiento en 1979. Un total de 12 equipos disputaron la liga. Esta temporada marcó la primera temporada de la NBL que contó con los New Zealand Breakers , el primer equipo de Nueva Zelanda en la competencia australiana. Además, los Canberra Cannons fueron reemplazados por los Hunter Pirates .
El sistema de desempate de la NBL, tal como se describe en las Reglas y Regulaciones de la NBL, establece que en el caso de un récord idéntico de victorias y derrotas, los resultados en los juegos jugados entre los equipos determinarán el orden de siembra.