La temporada 2003-04 Rugby Pro D2 fue la segunda división 2003-04 de la unión de rugby de clubes franceses . Hay ascensos y descensos en Pro Rugby D2, y después de la temporada 2003-04, Bayonne y FC Auch terminaron en la parte superior de la tabla y ascendieron al nivel más alto, y Bordeaux-Bègles descendió a tercera división.