La Copa de Baviera de 2003 fue la sexta edición de esta competición que se inició en 1998. Terminó con el TSV Aindling ganando la competición. Junto al finalista, TSV Gerbrunn , ambos clubes se clasificaron para la Copa DFB 2003-04 .
La competición está abierta a todos los equipos de fútbol masculino sénior que jueguen en el sistema de ligas bávaras de fútbol y a los clubes bávaros de la Regionalliga Süd (III).
Cada uno de los siete Bezirke de Baviera juega su propia competición de copa, que a su vez solía funcionar como clasificación para la Copa de Alemania (DFB-Pokal). Desde 1998, estos siete campeones de copa más el finalista perdedor de la región que ganó el evento anterior avanzan a la recién introducida Copa de Baviera , la Toto-Pokal. Los dos finalistas de esta competición avanzan a la Copa de Alemania. Los clubes bávaros que juegan en la primera o segunda Bundesliga no pueden participar en el evento, sin embargo, sus equipos de reserva sí pueden. [1] Los siete ganadores de la copa regional más el finalista de la región ganadora de la última temporada están clasificados para la primera ronda.
La razón del resultado unilateral en la final se puede ver en el hecho de que TSV Gerbrunn había retirado a su equipo de la Bayernliga a las ligas amateur bávaras inferiores, por lo que presentó un equipo mucho más débil.
Los dos clubes, TSV Aindling y TSV Gerbrunn, que se clasificaron a través de la Copa de Baviera para la Copa DFB 2003-04, fueron eliminados en la primera ronda de la copa nacional: