La Copa J.League 2003 , oficialmente la Copa J.League Yamazaki Nabisco 2003 , fue la primera edición del torneo de copa de la liga de fútbol de Japón y la undécima edición bajo el formato actual de la Copa J.League . El campeonato comenzó el 8 de marzo y finalizó el 3 de noviembre de 2003.
Equipos de la J1 participaron en el torneo. Kashima Antlers y Shimizu S-Pulse quedaron libres para los cuartos de final debido a su clasificación para la Liga de Campeones de la AFC . El resto de 14 equipos comenzaron desde la fase de grupos, donde están divididos en cuatro grupos. Los ganadores de cada grupo se clasifican para los cuartos de final junto con los subcampeones del grupo A y B, y los dos equipos que se clasificaron para la Liga de Campeones de la AFC.