El Torneo de Baloncesto Masculino de la División II de la NCAA de 2003 fue el 47º torneo anual de eliminación simple para determinar el campeón nacional de baloncesto universitario masculino de la División II de la NCAA en los Estados Unidos .
Como culminación oficial de la temporada de baloncesto masculino de la División II de la NCAA 2002-03 , el torneo contó, por primera vez, con sesenta y cuatro equipos de todo el país.
El Elite Eight, las semifinales nacionales y el campeonato se jugaron, por primera vez, en el Lakeland Center en Lakeland, Florida .
Northeastern State (32–3) derrotó a Kentucky Wesleyan en la final, 75–64, para ganar su primer campeonato nacional de la División II.
Al mismo tiempo, fue la sexta aparición consecutiva de Kentucky Wesleyan en el juego por el título (ganando en 1999 y 2001), aunque esta aparición, junto con la de 2002, sería luego desocupada por la NCAA.
Los Redmen ganadores fueron entrenados por Larry Gipson . Darnell Hinson de Northeastern State fue el jugador más destacado.