El medallero de los Juegos Paralímpicos de Verano de 2004 es una lista de Comités Paralímpicos Nacionales (CPN) clasificados por el número de medallas de oro ganadas por sus atletas durante los Juegos Paralímpicos de Verano de 2004 , celebrados en Atenas , Grecia , del 17 al 28 de septiembre de 2004. Atletas de 75 países ha ganado al menos una medalla, dejando a 61 países sin medalla.
La clasificación en esta tabla se basa en la información proporcionada por el Comité Paralímpico Internacional (IPC) y es consistente con la convención del IPC en sus tablas de medallas publicadas. Por defecto, la tabla está ordenada por el número de medallas de oro que han ganado los atletas de una nación (en este contexto, una "nación" es una entidad representada por un Comité Paralímpico Nacional ). A continuación se tiene en cuenta el número de medallas de plata y luego el número de medallas de bronce. Si las naciones aún están empatadas, se otorga la misma clasificación y se enumeran alfabéticamente por código de país del IPC .