La Segunda División chipriota de 2005-06 fue la 51.ª temporada de la liga de fútbol de segundo nivel chipriota . AEP Paphos ganó su primer título.
Catorce equipos participaron en la Segunda División chipriota de 2005-06. Todos los equipos jugaron dos veces entre sí, una vez en casa y otra fuera. El equipo con más puntos al final de la temporada se coronó campeón. Los tres primeros equipos ascendieron a la Primera División chipriota 2006-07 y los tres últimos equipos descendieron a la Tercera División chipriota 2006-07 .