El Apertura de Primera División Argentina 2005-06 fue un mordisco. Después de un cara a cara en las últimas semanas, Boca Juniors se llevó el trofeo a casa. Gimnasia de La Plata tendrá que esperar su primer campeonato. En el Clausura de la Primera División Argentina 2005-06 , Boca Juniors se convirtió en el primer equipo desde River Plate en 1999-2000 en ganar el Apertura y el Clausura en la misma temporada. Esto culminó un año increíble para Boca, ya que ganó todos los torneos que eran elegibles (no fueron elegibles para la Copa Libertadores después de un triste Clausura la temporada pasada). LanúsFueron la gran sorpresa del Clausura, ya que terminaron segundos en la liga. Boca también logró 80 puntos en una temporada por primera vez desde 1998/99 cuando anotó 89 puntos.
Argentina empató con uno de los grupos más difíciles de la Copa Mundial de la FIFA 2006 , avanzó a la segunda ronda pero perdió contra la anfitriona Alemania en los cuartos de final.
Luego de una temporada pésima, Instituto y Tiro Federal fueron relegados a la División Nacional B pocas semanas antes del final del torneo. Los siguientes dos peores equipos en la clasificación de descenso, Argentinos Juniors y Olimpo de Bahía Blanca , jugaron una serie de playoffs Promoción (local y visitante) contra Huracán y Belgrano de Córdoba , respectivamente, por dos puestos en la Primera División Argentina del próximo año . Argentinos Juniors se mantiene en la máxima categoría luego de empatar dos veces con Huracán. Olimpo, sin embargo, fue relegado a Nacional B luego de perder dos veces ante Belgrano.
Argentinos Juniors permanece en la Primera División Argentina luego de un empate global de 3 - 3 en virtud de una "ventaja deportiva". En caso de empate en goles, el equipo de Primera División consigue permanecer en él.
Belgrano de Córdoba gana 4-2 y asciende a Primera División Argentina. Olimpo de Bahía Blanca es relegado a la Nacional B.