La Copa de Fútbol de Macedonia 2006-07 fue la decimoquinta temporada de la competición eliminatoria de fútbol de Macedonia . FK Makedonija Gjorche Petrov fueron los campeones defensores, habiendo ganado su primer título. Los campeones de 2006-07 fueron FK Vardar , que ganó su quinto título.
El sorteo se celebró el 18 de agosto de 2006 en Skopje . Los partidos de ida se jugaron el 20 de septiembre y los segundos el 18 de octubre de 2006.
El sorteo se celebró el 20 de octubre de 2006 en Skopje . Los partidos de ida se jugaron el 1 de noviembre y los segundos el 29 de noviembre de 2006.
El sorteo se celebró el 5 de diciembre de 2006 en Skopje . Los partidos de ida se jugaron el 11 de abril y el segundo el 2 de mayo de 2007.