La temporada 2006 del Berlin Thunder fue la octava temporada de la franquicia en la NFL Europe League (NFLEL). El equipo fue dirigido por el entrenador en jefe Rick Lantz en su tercer año y jugó sus partidos en casa en el Estadio Olímpico y el Jahn-Sportpark en Berlín , Alemania. Terminaron la temporada regular en sexto lugar con un récord de dos victorias, siete derrotas y un empate.
Después de la finalización de la temporada regular, el equipo All-NFL Europe League fue seleccionado por el cuerpo técnico de NFLEL, miembros de un panel de medios y fanáticos que votaron en línea en NFLEurope.com. [16] En general, Berlín tenía tres jugadores seleccionados. Las selecciones fueron: