La temporada 2006 del FC Moscú fue la tercera temporada del club después de hacerse cargo de la licencia de Torpedo-Metallurg en 2004. Terminaron la temporada en sexto lugar, llegaron a los octavos de final en la Copa de Rusia 2005-06 y en 2006– 07 Copa de Rusia avanzaron a los octavos de final que tuvieron lugar durante la temporada 2007 .
Nota: Las banderas indican el equipo nacional según se define en las reglas de elegibilidad de la FIFA . Los jugadores pueden tener más de una nacionalidad ajena a la FIFA.
Nota: Las banderas indican el equipo nacional según se define en las reglas de elegibilidad de la FIFA . Los jugadores pueden tener más de una nacionalidad ajena a la FIFA.