La Copa FIM Superstock 1000 de 2006 fue la octava edición de la Copa FIM Superstock 1000 , la segunda celebrada con este nombre. Se corrió en diez rondas, comenzando el 23 de abril en Valencia , España, y finalizando el 8 de octubre en Magny-Cours , Francia.
El campeonato de pilotos lo ganó Alessandro Polita con una Suzuki GSX-R1000 K6 inscrita por Celani Suzuki Italia. Sus principales rivales a lo largo de la temporada fueron Claudio Corti a bordo de una R1 del Yamaha Team Italia y dos pilotos de la MV Agusta , Luca Scassa y Ayrton Badovini . Estos cuatro pilotos italianos lograron todas las poles excepto la ronda de Valencia y todas las victorias en carrera.
El campeonato de constructores fue ganado por Suzuki , mientras que la temporada también vio la primera victoria de MV Agusta a nivel mundial desde el Gran Premio de Motociclismo de Alemania de 1976 .