La Serie de Campeonato de Fútbol NAIA 2006 concluyó el 16 de diciembre de 2006, con el juego de campeonato jugado en el Estadio Jim Carroll en Savannah, Tennessee. En una batalla entre dos equipos invictos de la USF Cougar, los Sioux Falls Cougars ganaron el juego sobre los Saint Francis Cougars con una puntuación de 23-19. [1]