Los Campeonatos de Natación y Salto de la División de la NCAA de 2006 se refieren a uno de los dos eventos celebrados durante marzo de 2006 para determinar el equipo y los campeones nacionales individuales de la División I de natación y buceo universitario masculino y femenino en los Estados Unidos :
- Campeonato de Natación y Buceo Masculino de la División I de la NCAA 2006 - celebrado en el Georgia Tech Aquatic Center en el Instituto de Tecnología de Georgia en Atlanta, Georgia y ganado por Auburn
- Campeonato de Natación y Salto Femenino de la División I de la NCAA 2006 - celebrado en el Gabrielsen Natatorium de la Universidad de Georgia en Athens, Georgia y ganado por Auburn