La Copa del Rey 2008-09 fue la 107ª edición de la Copa del Rey (incluidas dos temporadas en las que se jugaron dos ediciones rivales). La competición comenzó el 23 de agosto de 2008 y concluyó el 13 de mayo de 2009 con la final, celebrada en el Estadio Mestalla de Valencia , en la que el Barcelona levantó el trofeo por 25ª vez en su historia con una victoria por 4-1 sobre el Athletic de Bilbao , que se clasificó. para la tercera ronda de clasificación de la UEFA Europa League 2009-10. Los campeones defensores de la copa fueron el Valencia , pero fueron eliminados en cuartos de final.
21 equipos de la Segunda División 2007-08 (el Sevilla Atlético está excluido por ser un equipo de reserva del Sevilla ):
24 equipos de la Segunda División B 2007-08 . Los equipos que se clasificaron son los cinco mejores equipos de cada uno de los 4 grupos (excluidos los equipos de reserva) y los cuatro con el mayor número de puntos del resto de los equipos que no son de reserva (*):
18 equipos de Tercera División 2007-08 . Los equipos que se clasificaron son los campeones de cada uno de los 18 grupos (o al menos los que tienen el mayor número de puntos dentro de su grupo ya que los equipos de reserva están excluidos):
Los partidos de ida se jugaron los días 28, 29 y 30 de octubre, mientras que los partidos de vuelta se jugaron los días 11, 12 y 13 de noviembre de 2008.
Los partidos de ida se jugaron los días 6, 7 y 8 de enero, mientras que los partidos de vuelta se jugaron el 14 y 15 de enero de 2009.