La temporada 2008-09 de la Superliga Sub-21 de Indonesia será la primera edición de la Superliga Sub-21 de Indonesia (ISL Sub-21), una competencia complementaria de la Superliga de Indonesia destinada a futbolistas menores de veintiún años.
Djarum , una compañía tabacalera de Indonesia, continuará su participación como patrocinador principal de la competencia.
La competición se dividirá en tres actos que constarán de dos vueltas de grupos y una eliminatoria. La primera ronda se divide en tres grupos, cada uno con seis clubes, los dos mejores equipos de cada grupo avanzaron a la segunda ronda. La segunda mitad consistió en dos grupos que contenían tres equipos en cada grupo previsto, los dos mejores equipos de cada grupo avanzaron a las semifinales. El ganador avanzó a la semifinal final, mientras que los dos equipos que derrotaron al tercer clasificado lucharon. El ganador final se convierte en el campeón.