La Copa FIM Superstock 1000 de 2009 fue la undécima temporada del campeonato FIM Superstock 1000, la quinta celebrada con este nombre. El campeonato FIM Superstock 1000 siguió el mismo calendario que el Campeonato del Mundo de Superbikes , perdiéndose ninguna prueba europea del campeonato. 2009 vio muy pocos cambios con respecto a la temporada anterior, sin nuevos circuitos europeos en el calendario.
El título finalmente lo ganó el belga Xavier Siméon , quien en las 10 carreras de la temporada no terminó fuera de las 2 primeras posiciones. Siméon consiguió 5 victorias y 5 segundos puestos para llevarse el campeonato a 57 puntos de Claudio Corti . La actuación de Simeon significó que Ducati se hiciera con el campeonato de constructores por 53 puntos.