La temporada 2009 de Miami FC fue la cuarta temporada del equipo en la Primera División de la USL . Después de jugar en Miami durante tres años, el equipo se mudó en este período a Fort Lauderdale. Este año, el equipo terminó en el noveno lugar de la temporada regular. No llegaron a los playoffs. Este fue el último año del equipo en la liga, ya que eventualmente se unió a un grupo de otros clubes que dejarían la USL para formar la nueva North American Soccer League . Sin embargo, el equipo jugaría al año siguiente en la División 2 de la USSF .