La temporada 2012 del FC Tokyo es la temporada en la que el FC Tokyo regresa a la J.League después de su descenso inesperado después de la temporada 2010, lo que la convierte en su 12ª temporada en la máxima categoría en general. Además, tras conquistar el 1 de enero la primera Copa del Emperador en la historia del club, el FC Tokio también disputará la AFC Champions League , acompañado del top 3 de la última campaña de la J-League en el máximo torneo de clubes de Asia. Kiyoshi Okuma y el club llegaron a un acuerdo para poner fin a la relación contractual que los unía al término de la temporada 2011 . Con esto, Ranko Popovićse convirtió en el nuevo entrenador de esta temporada.
Nota: Las banderas indican el equipo nacional según se define en las reglas de elegibilidad de la FIFA . Los jugadores pueden tener más de una nacionalidad ajena a la FIFA.
Ganador de la J.League (también clasificado para la fase de grupos de la Liga de Campeones de la AFC de 2013 ) Descenso de la fase de grupos de la Liga de Campeones de la AFC de 2013 a la J.League 2