La fase de clasificación del Campeonato de África Sub-20 de 2013 consistió en tres rondas de partidos a dos partidos. Algunos países tuvieron un adiós a la Primera Ronda. Los ganadores de los partidos de la Segunda Ronda se clasifican para la final.
1 El Benin v Côte d'Ivoire (partido de ida) se aplazó hasta el 5 de agosto de 2012. [4]
2 Gambia se retiró tras el partido de ida.
3 Zimbabwe se retiró tras el partido de ida.
4 Lesotho se retiró.
Los partidos de ida se jugaron los días 21, 22 y 23 de septiembre de 2012 y los partidos de vuelta los días 5, 6 y 7 de octubre de 2012.