La Segunda División de Malta 2015-16 comenzó en septiembre de 2015 y finalizó en mayo de 2016. Msida Saint-Joseph FC , Kirkop United FC y Żurrieq FC descendieron a la Tercera División de Malta . Marsa FC , Sirens FC y Gharghur FC ascendieron a la Primera División de Malta .
Marsa se proclamó campeón en el último partido contra Gharghur al ganar 2-1, y Sirens perdió el Derby contra Mgarr United y entregó la copa al campeón Marsa .