El equipo de fútbol Bethune-Cookman Wildcats de 2016 representó a la Universidad de Bethune-Cookman en la temporada de fútbol FCS de la División I de la NCAA de 2016 . Fueron dirigidos por el entrenador en jefe de segundo año, Terry Sims , y jugaron sus partidos en casa en el Estadio Municipal . Eran miembros de la Conferencia Atlética del Medio Oriente (MEAC). Terminaron la temporada 4-6, 4-4 en el juego MEAC para terminar empatados a dos en el quinto lugar.