La temporada 2016 de NECBL fue la 23a temporada de la Liga Colegial de Béisbol de Nueva Inglaterra . una liga de béisbol de verano colegiada de bate de madera . La liga regresó a 13 equipos después de la incorporación de los Upper Valley Nighthawks . Cada división siguió siendo la misma con la excepción de que los Nighthawks se agregaron como el séptimo equipo en la División Norte.
Cada equipo jugado estaba programado para jugar una temporada regular de 46 juegos, sin embargo, debido al clima, los equipos jugaron entre 43 y 46 juegos en la temporada regular. Los 4 mejores equipos de cada división avanzaron a los playoffs, que fueron 3 rondas de las mejores 2 de 3 series. Las Mystic Schooners reclamaron su segundo campeonato y el primero desde 1994 al derrotar a los Sanford Mainers 2 juegos a 0.
Los 4 mejores equipos de cada división avanzaron a los playoffs. Cada ronda consistió en un mejor 2 de 3 series con el sembrado No. 1 en cada división jugando con el sembrado No. 4 en su división y el No. 2 jugando con el No. 3. Los dos ganadores de la división luego jugaron por el Campeonato NECBL.