La Copa de Estonia 2019-20 fue la temporada número 30 del principal torneo eliminatorio de fútbol nacional de Estonia . Flora ganó su octavo título después de derrotar a Narva Trans en la final. El ganador de la Copa se clasificaría para la primera ronda de clasificación de la UEFA Europa League 2020-21 , pero como Flora ya estaba clasificada para la Liga de Campeones, el puesto pasó a Paide Linnameeskond .