El club fue fundado en 1962 y en los años siguientes alternando entre los campeonatos de la serie D, Eccellenza y Promozione .
Luego, en 2000-2001 llegó otra clasificación a la Serie D en estos años, cuando el equipo alcanzó la final de la Coppa Italia Serie D , perdiendo ante Pievigina.
En 2006–2007 Grottaglie por primera vez en su historia entró en los play-offs de clasificación para el ascenso, pero perdió el primer juego ante otro equipo de Apulia, ASD Barletta. La temporada siguiente ascendió al quinto puesto de la liga y volvió a ganar la clasificación para los playoffs, aunque la carrera acabó en esta coyuntura en la primera ronda ante el ASD Barletta.
Al final de la temporada 2008-2009, el equipo estaba clasificado en el puesto 15 y tuvo que entrar en un desempate de descenso contra Bitonto. El 7 de junio de 2009, Grottaglie perdió 1-0 en un partido fuera de casa en Bitonto, después de empatar 0-0 en el partido de ida, y regresó a Eccellenza. Sin embargo, el 2 de septiembre de 2009, Grottaglie regresó a la Serie D después de la decisión de la Corte Nacional de Arbitraje Deportivo de reasignar los lugares en la liga. En la temporada 2013-14 Grottaglie jugó en el Grupo H de la Serie D, y llegó al puesto 16, pero ganó el desempate de descenso y, por lo tanto, permaneció en la Serie D. De 2014 a 2017 Grottaglie fue relegado de la Serie D (el cuarto nivel del fútbol italiano) a Prima Categoria (el octavo nivel del fútbol italiano). En la temporada 2017/18 Grottaglie juega por primera vez en Prima Categoria y gana la Copa Apulia por primera vez en su historia.En la temporada 2018/19 Grottaglie finaliza la temporada en el 1er lugar y asciende a Promozione Apulia. En la temporada 2019/20, Grottaglie terminó la temporada en el décimo lugar después de que la liga se detuviera por elEmergencia de COVID-19 . Después de eso, el club ascendió en Eccellenza Apulia debido a la renovación de la liga.