El AEK fue uno de los primeros clubes griegos en fundar una academia juvenil en 1934, mientras que el AEK FC la dirige desde 1979.
Algunos de los más notables incluyen: Tryfon Tzanetis (1933-1950), Kleanthis Maropoulos (1934-1952), Andreas Stamatiadis (1950-1969), Stelios Skevofilakas (1960-1973), Nikos Karoulias (1973-1974), Stelios Manolas ( 1978-1998), Spyros Oikonomopoulos (1978-1994), Vangelis Vlachos (1979-1985), Lysandros Georgamlis (1979-1986), Pantelis Konstantinidis (1993-1994), Dionisis Chiotis (1995-1998, 2000-2007), Sokratis Papastathopoulos (2005-2008), Savvas Gentsoglou (2006-2012), Panagiotis Tachtsidis (2007-2010), Kostas Manolas(2009–2012), Victor Klonaridis (2010–2012, 2017–2020) y Kostas Galanopoulos (2015–).
AEK Athens U19 es el equipo juvenil de AEK. Participan en el campeonato Super League 1 U19. Juegan sus partidos en casa en el Centro Deportivo OPAP en Spata .
Nota: Las banderas indican la selección nacional según se define en las reglas de elegibilidad de la FIFA . Los jugadores pueden tener más de una nacionalidad ajena a la FIFA.
Nota: Las banderas indican la selección nacional según se define en las reglas de elegibilidad de la FIFA . Los jugadores pueden tener más de una nacionalidad ajena a la FIFA.