La fase eliminatoria de la Liga de Campeones de la AFC 2009 se jugó del 26 de mayo al 7 de noviembre de 2009. Un total de 16 equipos compitieron en la fase eliminatoria para decidir los campeones de la Liga de Campeones de la AFC 2009 .
Los ganadores y subcampeones de cada uno de los ocho grupos de la fase de grupos se clasificaron para la fase eliminatoria. Tanto la Zona Oeste como la Zona Este tenían ocho equipos clasificados.
Nota: si bien el cuadro a continuación muestra la fase eliminatoria completa, el sorteo de los partidos de octavos de final se determinó en el momento del sorteo del grupo y mantuvo a los equipos de Asia oriental y occidental completamente separados para esa ronda.
El sorteo de los cuartos de final y más allá se llevó a cabo por separado y no impuso restricciones sobre qué equipos podían enfrentarse.
El sorteo de los octavos de final de la Liga de Campeones de la AFC 2009 se celebró el 7 de enero de 2009, junto con el sorteo de la fase de grupos.
El sorteo de los cuartos de final y las rondas eliminatorias restantes se llevó a cabo en Kuala Lumpur , Malasia, el 29 de junio de 2009.