AMAP es un programa de alineación de secuencias múltiples basado en el recocido de secuencias . [1] Este enfoque consiste en construir la alineación múltiple una coincidencia a la vez, evitando así muchos de los problemas de la alineación progresiva. Los parámetros de AMAP se pueden utilizar para ajustar la compensación de sensibilidad-especificidad.
El programa se puede utilizar a través del servidor web AMAP o como un programa independiente que se puede instalar con el código fuente.