La constitución de 1992 dispuso que el país debía organizarse en entidades territoriales descentralizadas. El nombre, número y límites de las entidades territoriales deben ser determinados por la ley. En la ley aprobada por la asamblea nacional en 1994, se definieron tres niveles de entidad: región ( faritra ), departamento ( departemanta ) y comuna ( kaominina ). Las comunas fueron creadas en 1996.
Con Didier Ratsiraka de vuelta en el poder, la constitución se modificó en 1998 para incluir y mencionar específicamente seis provincias autónomas, divididas en regiones y comunas no definidas. Las provincias autónomas, con los mismos nombres y territorios que las provincias ya existentes, fueron creadas en el año 2000.
Durante la lucha por el poder tras las elecciones presidenciales de 2001, cinco de esas provincias, cuyos gobernadores apoyaban a Ratsiraka, se declararon independientes de la república. El nuevo presidente, Ravalomanana, sustituyó a los gobiernos provinciales por delegaciones especiales , nombradas por el presidente. Esto significa efectivamente que las provincias autónomas han dejado de existir como tales, aunque no está claro si permanecerán en su lugar.
En 2004, las regiones fueron creadas por la asamblea nacional en la ley no. 2004-001. Las 28 regiones propuestas originalmente se habían convertido en 22. Aunque son subdivisiones de las provincias, son representantes (y representantes del pueblo) de la república, no de la provincia. Las regiones también se harán cargo de los activos de la "ex-Fivondronampokontany". También se menciona que las comunas son las únicas entidades que están operativas, y habrá un período no especificado de transición al nuevo sistema. Los departamentos no se mencionan en la ley, sino que se utiliza la designación "componentes" de las regiones. Parece que los departamentos se basarán en el Fivondronampokontany , aunque no está claro si ya están establecidos y qué significa que las regiones se harán cargo de los activos.