Aiterhofen está poblada desde el Neolítico como lo demuestra el descubrimiento del cementerio más grande de la cultura de la Cerámica Lineal en Alemania (alrededor de 260 tumbas).
En 773, Aiterhofen (Eitraha) está documentado como residencia de uno de los duques de Agilolfing . Alrededor de 973, otra documentación como Eitarahoue (Corral en Eiterach). Un analista del siglo XI interpretó falsamente el nombre como Farmyard of Poison (poison = pus = Eiter ). El significado real proviene del oid indogermánico para hinchazón y del antiguo alto alemán aha para agua y hof para corral. Por lo tanto, el significado del nombre puede interpretarse como finca en la corriente creciente , lo que muestra la referencia al río Aiterach.
Aproximadamente en el primer cuarto del siglo XIII se construye la iglesia parroquial románica de Santa Margarita. Dentro reside la campana más antigua de la Baja Baviera (1325). Solo se ha construido la torre norte de las torres gemelas inicialmente previstas. En 1883 se retiraron los muebles rococó del siglo XVIII. La capilla del patio de la tumba adyacente probablemente se construyó durante el siglo XVII.
En 1846, Angela Fraundorfer fundó el convento de los franciscanos de Aiterhofen, que, entre otras cosas, tiene como objetivo la educación de las niñas y está operando un jardín de infancia, una escuela secundaria solo para mujeres y varias otras instalaciones.
En el ámbito del municipio se han contabilizado los siguientes números de ciudadanos: 1970 2.424, 1987 2.749, 2000 3.178, 2005 3.466, 2008 3.422
El alcalde es Manfred Krä (CSU). Los ingresos por impuestos municipales rondaron los 2,5 millones de €, 600.000 por impuestos comerciales.