El club fue fundado en 1949 como parte del club deportivo Akademik Sofia y existió hasta 1993 cuando se fusionó con CSKA Sofia . En 1995, el club se fundó de nuevo y se fusionó con Metallurg Pernik para formar Akademik-Metallurg Sofia en 1998. Volvieron a ser independientes como Akademik Sofia en 1999. En 2001, tomaron el nombre de Akademika Sofia. Akademika fue campeón de Bulgaria en 2006 y 2007 y ganó la Copa de Bulgaria en 1955, 1998, 2006 y 2007.