Baltuška estudió física en la Universidad de Vilnius , más tarde en la Universidad de Amsterdam y recibió su Ph.D. de la Universidad de Groningen en 2000. Después de puestos posdoctorales en la Universidad de Tokio , la Universidad Técnica de Viena y el Instituto Max Planck de Óptica Cuántica , se convirtió en profesor en la Universidad Técnica de Viena en 2006.