El Dr. Mackay recibió permiso para fundar la Escuela Anglo-Peruana el 13 de julio de 1917. En 1919 la escuela primaria se expandió también a la educación secundaria, cambiando su nombre a Colegio Anglo-Peruano. La escuela entonces constaba de 7 profesores y 271 alumnos.
En 1924, mientras la escuela aún estaba ubicada en sus instalaciones en la Plaza Francia, se fusionó con el Instituto Americano y se convirtió en una institución solo para niños.
Por iniciativa del Dr. W. Stanley Rycroft y con la colaboración del Dr. Alberto Arca Parró , distinguido maestro de la escuela, se fundó la revista Leader en 1926. En palabras de su primer editorial, el Leader aspiraba a "ser la voz del desarrollo educativo, y ser capaz de unir la voz de docentes y estudiantes en el proceso de desarrollo y reinterpretación de los principios básicos de la enseñanza ”.
La escuela se trasladó a su ubicación actual en 1930. El entonces presidente de Perú , Augusto B. Leguía , fue un invitado de honor en la ocasión.
En 1942, en cumplimiento de los dictados de la Resolución Gubernamental N ° 3, anunciada por el Ministerio de Educación, la escuela cambia nuevamente de nombre, pasando a ser Colegio San Andrés.
La escuela se abrió a las alumnas en 1994. La promoción de 2004 fue la primera clase mixta en graduarse.