Su posición filogenética es objeto de cierta controversia. David Bass y sus colegas lo consideraron un vampirelido dentro del clado Endomyxa de Rhizaria , [3] y la secuencia de ADNr de SSU aislada de un organismo descrito como Arachnula impatiens es de hecho muy cercana a la del vampiroélido Theratromyxa . [4] Sin embargo, la identificación de este organismo como Arachnula ha sido cuestionada; y una ameba separada identificada como Arachnula por Yonas Isaak Tekle y sus colegas grupos en filogenias moleculares cercanas a los amebozoos Filamoeba y Flamella .[5] No se ha resuelto cuál de estos aislamientos corresponde al descrito originalmente por Cienkowski.