Atlante jugó en San Alejo , La Unión . El club se llamaba anteriormente Guardia Nacional , sin embargo, en la temporada 1955-1956 cambiaron su nombre a AD Atlante después de ganar el ascenso a la máxima categoría del país. [1] El nombre del equipo del club se derivó de la costa cercana a la ubicación, aunque La Unión es una ciudad portuaria en el Océano Pacífico , no en el Océano Atlántico .
Atlante nunca ganó un título nacional en El Salvador . Sin embargo, lograron terminar segundos en la liga nacional de la temporada regular de 1956-1957 y nuevamente subcampeones en 1962. En 1970 fueron relegados a la segunda división.