BioRuby es una colección de código Ruby de código abierto , que comprende clases de biología molecular computacional y bioinformática . Contiene clases para el análisis de secuencias de ADN y proteínas , alineación de secuencias , análisis de bases de datos biológicas, biología estructural y otras tareas bioinformáticas. [1] BioRuby se publica bajo la licencia GNU GPL versión 2 o Ruby [2] y es uno de varios proyectos Bio *, diseñado para reducir la duplicación de código. [3]
Lanzamiento estable | 2.0.2 / 31 de diciembre de 2020 |
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Repositorio | |
Escrito en | Rubí |
Tipo | Bioinformática |
Licencia | GPL |
Sitio web | bioruby |
En 2011, el proyecto BioRuby introdujo el sistema de complementos de software Biogem, [4] con dos o tres complementos nuevos agregados cada mes.
BioRuby se administra a través del sitio web de BioRuby y el repositorio de GitHub . [5] [6]
Historia
BioRuby
El proyecto BioRuby fue iniciado por primera vez en 2000 por Toshiaki Katayama como una implementación Ruby de paquetes bioinformáticos similares como BioPerl y BioPython . El lanzamiento inicial de la versión 0.1 fue actualizado con frecuencia por los colaboradores tanto de manera informal como en eventos organizados de “hackathon”; en junio de 2005, BioRuby fue financiado por IPA como un proyecto de software exploratorio, [7] que culminó con el lanzamiento de la versión 1.0.0 en febrero de 2006. [8] Entre 2009 y 2012, BioRuby fue el foco de una serie de Google Summer of Proyectos de código para mejorar la base de código. [9] La versión 2.0.0 de BioRuby se lanzó en 2019. [6]
Biogem
Biogem proporciona un conjunto de herramientas para bioinformáticos que desean codificar una aplicación o biblioteca que use o amplíe la biblioteca central de BioRuby, así como compartir el código como una joya en rubygems.org. [10] Cualquier joya publicada a través del marco de Biogem también se incluye en biogems.info. [11]
El objetivo de Biogem es promover un enfoque modular para el paquete BioRuby y simplificar la creación de módulos mediante la automatización del proceso de configuración de andamios de directorios / archivos, un repositorio git y la liberación de bases de datos de paquetes en línea. [12]
Biogemas populares
# | Biogem | Descripción | Versión |
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1 | bio | Biblioteca de bioinformática | 1.4.3.0001 |
2 | biodiversidad | Analizador de nombres científicos | 3.1.5 |
3 | Extractor de hojas de cálculo simple | Extracción básica de contenido de hoja de cálculo usando Apache poi | 0.13.3 |
4 | Bio joya | Generador de software para Ruby | 1,36 |
5 | Bio samtools | Carpeta de samtools para Ruby | 2.1.0 |
6 | servidor t2 | Soporte para interactuar con el servidor taverna 2 | 1.1.0 |
7 | bio ucsc api | La api de Ruby ucsc | 0.6.2 |
8 | entrez | solicitud http a entrez e-utilities | 0.5.8.1 |
9 | gadget bio | Gadget para bioinformática | 0.4.8 |
10 | servidor de secuencias | ¡Búsqueda rápida simplificada! | 0.8.7 |
Ver también
Referencias
- ^ Goto N, Prins P, Nakao M, Bonnal R, Aerts J, Katayama T (octubre de 2010). "BioRuby: software bioinformático para el lenguaje de programación Ruby" . Bioinformática . 26 (20): 2617–9. doi : 10.1093 / bioinformatics / btq475 . PMC 2951089 . PMID 20739307 .
- ^ "bioruby / README.rdoc en master · bioruby / bioruby" . 2014-05-08 . Consultado el 9 de noviembre de 2014 .
- ^ Mangalam H (2002). "Los kits de herramientas de Bio * - una breve descripción" . Breve Bioinformática . 3 (3): 296-302. doi : 10.1093 / bib / 3.3.296 . PMID 12230038 .
- ^ Bonnal R, Aerts J, Githinji G, Goto N, MacLean D, Miller C, Mishima H, Pagani M, Ramirez-Gonzalez R, Smant G, Strozzi F, Syme R, Vos R, Wennblom T, Woodcroft B, Katayama T, Prins P (abril de 2012). "Biogem: un enfoque basado en herramientas eficaz para ampliar el desarrollo de software de código abierto en bioinformática" . Bioinformática . 28 (7): 1035–7. doi : 10.1093 / bioinformatics / bts080 . PMC 3315718 . PMID 22332238 .
- ^ "bioruby / bioruby" . Proyecto BioRuby. 2021-05-15 . Consultado el 25 de mayo de 2021 .
- ^ a b "BioRuby" . bioruby.org . Consultado el 25 de mayo de 2021 .
- ^ "Agencia de promoción de tecnologías de la información de la API, Japón: IPA: Proyecto de recursos humanos de TI exploratorio (Programa MITOH)" .
- ^ "[BioRuby] BioRuby 1.0.0 lanzado" . 2006-02-27 . Consultado el 10 de septiembre de 2014 .
- ^ "bioruby / documentos" . GitHub . Consultado el 25 de mayo de 2021 .
- ^ "RubyGems.org | el anfitrión de la gema de tu comunidad" . rubygems.org . Consultado el 25 de mayo de 2021 .
- ^ "biogems.info - gemas para bioinformática" . biogems.info . Consultado el 25 de mayo de 2021 .
- ^ "Complementos - BioRuby" .
enlaces externos
- Página web oficial