La Copa Confederación CAF 2006 fue la tercera edición de la Copa Confederación CAF . Comenzó con la ronda preliminar (partidos de ida y vuelta) que se jugó en febrero y marzo de 2006. El Étoile Sahel de Túnez venció al FAR Rabat de Marruecos en la final. La final se vio empañada por una escaramuza cuando el FAR Rabat atacó al árbitro y a su juez de línea después de que se anulara un gol tardío. [1]
1 ASC Entente y Bakau United FC se retiraron.
2 El empate entre Ferroviário da Beira y Élan Club se jugó en un solo partido por consentimiento mutuo.
3 El Moro United se enfrentó a los representantes de Zimbabwe, pero la Asociación de Fútbol de Zimbabwe no pudo enviar un equipo ya que sus campeones de copa y subcampeones de liga, Masvingo United , fueron suspendidos de la competición de la CAF.
Los 8 ganadores de los octavos de final se enfrentan a los perdedores de los octavos de final de la Champions League por 8 plazas en la fase de grupos.
Los primeros partidos se jugaron del 14 al 16 de julio de 2006 y los segundos partidos se jugaron del 28 al 30 de julio de 2006.