El club fue fundado en 1962 por Ramon Sitjà como CB Sant Josep. En 1989 se convirtió en la Asociación Deportiva Anónima (SAD). En 1987, cuando la ACB se amplió a 24 equipos, el CB Girona entró en primera división. En 1991, el club tuvo que comprar los derechos del EB Granollers para quedarse en la ACB ya que iban a descender a segunda división.
En 2007, Girona ganó el campeonato FIBA EuroCup , que se celebró en el estadio Palau Girona-Fontajau . Venció al Azovmash Mariupol en la final después de haber vencido al Adecco Estudiantes en semifinales.
Tras el final de la temporada 2007-2008, el CB Girona atravesó graves problemas económicos, con una deuda de más de 6 millones de euros. El 25 de julio de 2008, el club anunció que no participaría en la temporada 2008-09 ni de la Liga ACB española ni de la Eurocopa . [1]
Se disolvió el SAD original. El CB Sant Josep Girona se quedó para empezar a jugar en el Adecco Bronce , la cuarta división española.
En la temporada 2009-10, el Sant Josep compró una plaza LEB Oro al CB Vic y disputó los cuartos de final de los playoffs de ascenso. La temporada siguiente, el Girona finalizó en cuarta posición, llegando a semifinales. En verano de 2012, tras tres temporadas en la LEB Oro , el club renuncia a su puesto en la liga y decide seguir jugando en la Liga EBA , cuarta división española.
El CB Girona juega en el Palau Girona-Fontajau , que tiene un aforo de 5.049 espectadores. El estadio fue inaugurado en 1993 por el jugador de la NBA Moses Malone , en un partido entre el equipo local Valvi Girona y el PAOK Salónica .