En 1973, el Charles River Rugby Football Club, llamado cariñosamente "The Rats", fue fundado por un grupo de Ruggers de la Universidad de Tufts y el Boston Rugby Football Club . Con llamativas camisetas verdes y naranjas que rápidamente se convirtieron en la marca registrada del club, los Rats lograron muchos éxitos tempranos, incluido ganar el Portland RFC Invitational y avanzar a las semifinales del Torneo Anual de Nueva Inglaterra. Los Rats continuaron atrayendo nuevos jugadores y construyendo sobre los logros de cada año durante la próxima década, consolidándose así como un elemento fijo en la comunidad de rugby de Nueva Inglaterra.
En 1980, las ratas obtuvieron el ascenso a la División I de Nueva Inglaterra I gracias a una asombrosa derrota de los reconocidos cochecitos de Berlín. Los primeros años de la década de 1980 estuvieron ocupados para el club, ya que los hombres se concentraron en aumentar la membresía del club a través de una fusión con Old North Bridge RFC de Concord, MA. Los aspectos más destacados de los años ochenta incluyen el éxito continuo tanto en Nueva Inglaterra como en torneos internacionales. En 1985, Charles River quedó segundo en la División I de NERFU, clasificándolos para los playoffs nacionales: el equipo derrotó a Binghamton RFC en la primera ronda, luego perdió ante Old Blue RFC de NYC (16-6), que terminó avanzando a la selección nacional. Finales. En el otoño de 1986, el club derrotó a Boston RFC 12-9, eliminándolos de los playoffs por primera vez en 5 años.
El club se instaló en una División II reestructurada en 1992 y procedió a mantener el primer sembrado en esa división de 1993 a 1994, con tres temporadas ganadoras seguidas.
El club no volvió a publicar una temporada ganadora hasta el otoño de 2005, cuando el equipo masculino, bajo la dirección del entrenador Fergal Hehir, llegó a los playoffs. Derrotaron a Rockaway RFC en el primer juego de playoffs en la primavera de 2006 y perdieron ante Montauk RFC en el segundo juego. Bajo el mandato de Hehir, el equipo masculino de Charles River tuvo cuatro temporadas ganadoras seguidas. En 2008, Hehir renunció y el siguiente enero, el club estuvo bajo la dirección del ex jugador de Anthony Adams con el Boston Irish Wolfhounds RFC .
Después de no ganar en la primera temporada de liga de Adams (otoño de 2009), el lado masculino de Rat casi fue relegado a la División III, pero logró argumentar su caso para permanecer en la División II. Fueron puestos en la nueva Conferencia Daly de la División II. En 2010, otro sudafricano, Hylton Haynes, asumió el cargo de entrenador masculino.
Actualmente, el lado masculino de Rat compite en la División III. En el otoño de 2017 vencieron a Old Gold RFC para ganar un lugar en los playoffs, la primera vez en más de 10 años. Los playoffs comienzan en la primavera de 2018.