Las elecciones presidenciales se celebraron en las Comoras el 16 de abril y el 14 de mayo de 2006. Como le tocaba a la isla de Anjouan ocupar la presidencia de la unión, se celebraron elecciones primarias en Anjouan el 16 de abril, antes de las elecciones nacionales el 14 de mayo. . El resultado fue la victoria de Ahmed Abdallah Mohamed Sambi , que obtuvo el 58% de los votos en las elecciones nacionales.
Las primeras elecciones presidenciales celebradas bajo la nueva constitución se llevaron a cabo el 10 de marzo y el 14 de abril de 2002. En las primarias del 10 de marzo celebradas en la isla de Gran Comora , Azali Assoumani terminó primero de un campo de nueve candidatos con el 39,81% de los votos. Mahamoud Mradabi y Saïd Ali Kemal también se clasificaron para participar en la segunda ronda, obteniendo un 15,69% y un 10,68%, respectivamente. Sin embargo, Mradabi y Kemal alegaron que se habían producido irregularidades durante las primarias y decidieron boicotear las elecciones del 14 de abril. Como resultado, Azali Assoumani obtuvo aproximadamente el 80 % de los votos.
Un total de catorce candidatos fueron autorizados a participar en las primarias de 2006 por la corte constitucional del país. Sin embargo, uno de los candidatos aprobados, Antoy Abdou, se retiró antes del día de las elecciones.
Después de un período de inestabilidad política que comenzó a fines de la década de 1990 y vio la secesión (no reconocida) de Anjouan y Mohéli , se aprobó una nueva constitución en un referéndum de diciembre de 2001. Creó una unión de islas semiautónomas , cada una con su propia constitución, presidente y asamblea . El cargo de presidente del sindicato, que es el jefe de estado y de gobierno, rota entre las tres islas cada cuatro años.
Se lleva a cabo una elección primaria en la isla que ostentará la presidencia del sindicato. Los tres candidatos que reciben la mayor cantidad de votos se presentan a una elección nacional con una simple mayoría necesaria para ganar.