La segunda temporada de Private Practice , la serie derivada de Grey's Anatomy , se estrenó el 1 de octubre de 2008 y concluyó el 30 de abril de 2009. La temporada constaba de 22 episodios.
La primera mitad de la segunda temporada se ocupó de los problemas financieros de la práctica. Naomi le revela a Addison que están en peligro de perder la práctica debido a una deuda impaga, lo que hace que Addison le diga a Sam. Esto, a su vez, provoca un cambio en la práctica que convierte a Addison en el nuevo jefe. Añadiendo al drama estaba la competencia de una nueva práctica, Pacific Wellcare. Esta nueva práctica, ubicada dentro del mismo edificio que Oceanside Wellness, estaba a cargo de Charlotte, lo que causó confusión entre ella y Cooper.
Otro acontecimiento dentro de esta temporada es la dinámica entre Sam y Naomi, quienes al final se dan cuenta de que ya no pueden ser amigos, así como la relación romántica cada vez más profunda de Cooper y Charlotte. Addison estuvo vinculado sentimentalmente con Kevin Nelson (interpretado por David Sutcliffe), un oficial de policía, pero luego se dio cuenta de que su relación no iba a ninguna parte. Hacia el final de la temporada, Addison se enamora del cirujano cardiovascular Noah Barnes, quien resulta que está casado y espera su primer hijo. Las cosas se complican cuando Addison se da cuenta de que la esposa de Noah es uno de sus pacientes. Archer Montgomery (Grant Show), el hermano playboy de Addison, también hizo apariciones esporádicas que causaron problemas a ella y a Naomi. Se descubrió que Archer tenía un tumor cerebral agresivo que luego se diagnosticó como parásito. Addison buscó la ayuda profesional de su ex marido, Derek Shepherd (Patrick Dempsey). Después de que Derek salvó con éxito a Archer, Addison descubrió que había vuelto a sus viejos trucos engañando a Naomi.
Violet despertó algo de su propio drama cuando comenzó a salir con Sheldon (Brian Benben), que trabaja para Pacific Wellcare, y Pete. Durante la segunda mitad de la temporada, se descubrió que Violet estaba embarazada, aunque no sabía quién era el padre de su bebé. Además, Violet se encontró a sí misma y a su bebé por nacer a merced de un paciente psicótico empeñado en llevarse al bebé de Violet por cualquier medio necesario en los momentos finales del final de temporada. Mientras tanto, Dell luchó con sus propios problemas causados por los hábitos de drogas de su ex novia y la lucha por la custodia de su hija Betsey. Algunos de los casos médicos que causaron revuelo y tensión entre los médicos de Private Practice fueron el tema del aborto (el primero en la práctica), la reasignación de sexo de un recién nacido, la actividad sexual de un niño de 12 años,
Bailey ( Chandra Wilson ) y Naomi intentan descubrir por qué Sam tiene un repentino ataque de asma mientras Addison ayuda a Derek ( Patrick Dempsey ) a salvar la vida de su paciente embarazada. En Oceanside Wellness, Cooper, Violet y Pete trabajan juntos para tratar a una madre que sufre depresión posparto.
En la segunda temporada, Private Practice se transmitió los jueves a las 9 p. m. (luego a las 10 p. m.) en Living , y el episodio se transmitió nuevamente (que se emitió esa noche) en Living+1 una hora más tarde y en Living+2 dos horas después.