La Copa Interclubes de la UNCAF de 1999 fue la 17ª edición del Campeonato de Clubes Centroamericanos y la primera bajo el nombre de Copa Interclubes de la UNCAF . El torneo fue organizado por UNCAF , el organismo regional del fútbol en Centroamérica .
El club hondureño Club Deportivo Olimpia venció a los costarricenses Liga Deportiva Alajuelense y Deportivo Saprissa (campeones defensores) y al Guatemalteco Comunicaciones FC en la ronda final para ganar su segundo torneo en la historia del equipo. Los tres primeros clasificados ganaron el derecho a jugar en la Copa de Campeones de CONCACAF 1999 .